Sagen wir mal so...
FAT32 ist kein Problem und ist eher auf kompatibilität getrimmt.
Bei NTFS ist es so, dass dieses auf Performance und Sicherheit ausgelegt ist und dieses nicht dafür gedacht ist dauernd ein- und ausgeschaltet wird, wie bei USB Platten (anstecken, abstecken). Daher sollte man die Platte immer grundsätzlich zuvor durch den User im Windows manuell getrennt werden.
Es kann auch passieren, dass bei einer zuvor durchgeführten Datenübertragung auf die USB Platte diese einfach danach abgezogen wurde. Nun kann es sein, dass diese Datei(en) korrupt sind, da doch nicht alle Daten sauber übertragen wurden.
Dies passiert häufiger bei älteren Geräten. Daher hilft meist eine saubere Formatierung. Auch läßt sich eine Platte in FAT32 formatieren, wenn diese größer als 32 GB ist. Problematisch nur bei Dateien über 4 GB.