Microsoft hat sich alle Mühe gegeben, in Windows ME (Millenium Edition) den nach wie vor vorhandenen DOS-Kern so gut wie möglich vor dem Benutzer zu verstecken und Änderungen am System zu verhindern: Ein Start des nackten DOS 8.0 ist normalerweise nur noch mit Hilfe der Sicherungsdiskette möglich. Es gibt (jedenfalls ohne Ändern der Datei IO.SYS) keine Möglichkeit mehr, nur bis zur Eingabe-Aufforderung zu booten, oder beim Beenden von Windows einen DOS-Modus zu starten. Es ist auch nicht mehr möglich, eine bootfähige Diskette mit FORMAT A: /S oder SYS A: zu erzeugen. Änderungen, die Sie in der Autoexec.bat oder Config.sys durchführen, werden beim nächsten Start von Windows rückgängig gemacht. Nur Environment-Einträge wie PATH= oder SET= bleiben erhalten. Das Laden von Real-Mode-Treibern ist bei Windows ME deshalb nicht mehr möglich. Ähnlich wie Windows 2000 verhindert Windows ME das Austauschen von Dateien im Windows-Verzeichnis. Wenn Sie etwa Notepad.exe durch einen gleichnamigen besseren Editor austauschen, macht Windows das beim nächsten Start rückgängig, solange Sie nicht den Systemdateien-Schutz deaktivieren: Bei der Installation legt Windows eine CD-Kopie im Verzeichnis windowsoptionsinstall an, aus dem es ggf. die alten Dateien holt. In c:windowssystemsfpsfplog.txt werden alle Wiederherstellungs-Aktionen aufgezeichnet. Einen Schnappschuss einer funktionierenden Windows-Version kann man etwa vor der Installation neuer Software als Prüfpunkt mit dem neuen Konzept "PC-Health" anlegen. Der aktuelle Zustand wird dabei für jede Partition in einem Ordner _RESTORE aufgehoben. Das geschieht auch automatisch alle zehn Stunden während des Betriebes oder bei einem Neustart nach 24 Stunden.
